Comprendre le rôle du microbiome, pas seulement sa composition
Les recherches de la Dre Elena Verdú vont au-delà de la composition du microbiome pour se pencher sur son rôle et sur ce que ces signaux pourraient signifier pour une prise en charge plus précise de la maladie inflammatoire de l'intestin (MII).
Lorsque les chercheurs étudient le microbiome, une question est évidente : quelles bactéries sont présentes dans l'intestin?
Le microbiome intestinal est une vaste et complexe communauté de micro-organismes vivant dans le tube digestif. Il comprend de nombreux types de bactéries et autres microbes, et sa composition peut varier considérablement d'une personne à l'autre.
Comme le microbiome est si complexe, de nombreuses études cherchent à mieux comprendre quels microbes sont présents et comment ces communautés microbiennes peuvent différer d'une personne à l'autre.
La Dre Elena Verdú s'intéresse à une autre question : que font réellement ces microbes?
Cette question a façonné des années de recherches menées par la Dre Verdú et son équipe à l'Université McMaster, soutenues par deux subventions d’aide à la recherche octroyées par Crohn et Colite Canada entre 2016 et 2024.
Ces travaux de recherche ont exploré l'activité de certaines bactéries intestinales pour comprendre si elles contribuent à l'inflammation, si des changements dans cette activité peuvent apparaître avant le diagnostic de la colite ulcéreuse, et si ces différences pourraient éventuellement mener à des approches plus ciblées des soins.
Une enzyme et un frein
Le premier projet de la Dre Verdú portait sur les protéases microbiennes, des enzymes qui dégradent les protéines.
Son équipe a étudié le rôle des bactéries à forte activité protéasique dans la perturbation de la barrière intestinale et à l'inflammation.
Mais ils ont aussi examiné l'autre côté de l'équation. Certaines bactéries bénéfiques produisent naturellement des protéines qui inhibent l'activité des protéases.
Certaines bactéries peuvent fournir l'enzyme, tandis que d'autres alimentent le frein.
Cela donne aux chercheurs quelque chose de plus précis à examiner. Au lieu de se demander seulement quels microbes sont associés à la maladie, ils peuvent commencer à se demander ce que font ces microbes et si une activité nuisible pourrait éventuellement être ciblée.
Le signal pourrait-il être décelable avant le diagnostic?
Les recherches ultérieures de la Dre Verdú se sont déplacées en amont dans le processus de la maladie.
Son équipe a étudié des échantillons prélevés sur des personnes à risque de MII et qui ont plus tard développé une colite ulcéreuse, pour déterminer si une activité élevée de protéase microbienne était déjà présente avant le diagnostic.
En d'autres termes : l'intestin pourrait-il laisser des indices biologiques avant que la maladie ne devienne cliniquement apparente?
Cela demeure une possibilité future. Si des signaux biologiques fiables peuvent être identifiés avant le diagnostic, ils pourraient un jour contribuer à de nouvelles façons d'identifier les personnes à plus grand risque.
Recensement et économie
L'étude de la composition du microbiome indique aux chercheurs quels micro-organismes sont présents.
Celle de la fonction cherche à déterminer ce que fait réellement cette communauté.
C’est en fait comme la différence entre recensement et économie.
Le recensement dénombre la population. L’économie indique ce que fait cette population.
Pour la médecine de précision, cette distinction est importante.
La génétique reste un élément important pour comprendre le risque de maladie, mais les recherches de la Dre Verdú soulèvent une autre question : quelles fonctions microbiennes pourraient être à l'origine de la maladie, et ces différences pourraient-elles éventuellement aider à orienter la prévention ou le traitement?
Différents schémas d'activité microbienne pourraient aider les chercheurs à identifier les personnes à plus grand risque, à mieux comprendre les différences biologiques entre les patients et explorer des traitements visant l'activité microbienne nuisible tout en préservant ce qui est bénéfique.
L'alimentation ajoute une autre dimension. Les recherches de la Dre Verdú ont également examiné comment les protéines alimentaires interagissent avec les bactéries protéolytiques, soulevant la possibilité que la fonction du microbiome puisse un jour aider à orienter des approches nutritionnelles plus individualisées.
Le but n'est pas simplement d'en savoir plus sur le microbiome. Il s'agit de comprendre quelles différences sont assez importantes pour justifier une action.
Presque huit ans, deux subventions, une ligne d'enquête
À travers deux projets financés par Crohn et Colite Canada, les recherches de la Dre Verdú sont passées d'une question fondamentale sur les enzymes microbiennes et l'inflammation à des questions sur le risque de maladie, les signaux biologiques et des interventions plus ciblées.
Ce sont là des applications futures potentielles de la recherche. Ensemble, elles pointent vers le potentiel de la médecine de précision : identifier plus tôt le risque de maladie, faire des choix de traitement avec plus de précision et, ultimement, adapter les soins plus étroitement à la biologie de l'individu.
Savoir quels microbes sont présents ne donne peut-être qu’une image partielle. Comprendre l’activité de ces microbes pourrait nous en dire beaucoup plus.
Et comprendre ces différences pourrait nous rapprocher d'un avenir où les soins de la MII seront mieux adaptés à chaque personne.